プラグインの試用期間は、サブドメインが同一であっても各プラグインごとに設定されているのでしょうか？

ご認識のとおり、プラグインの試用期限はプラグインごとに個別に設定されています。 なお、プラグインを設定しただけでは「利用」とはみなされず、実際にプラグインの機能を動作させた時点から30日間のお試し期間が開始されます。