非表示や編集不可にするフィールドに、同じフィールドを複数の設定で指定すると期待した通りの動作になりません。設定方法が間違っているのでしょうか？

プラグインの仕様どおりの挙動です。 非表示にするフィールド、または編集制御するフィールドに同じフィールドを複数の設定で指定すると、上から順に適用されるため、あとの設定で上書きされます。 同じフィールドは1つの設定にまとめてください。1つの設定ではフィールドを複数選択できます。