カンバン・ガントチャート・カレンダーなどのカスタマイズビューでも検索できますか？

はい、可能です。

検索プラグインはカスタマイズビュー（カンバン・ガントチャート・カレンダー）上でも利用できます。各ビューに表示する一覧を指定して検索フォームを設置すれば、ビュー画面上からフィールド条件で絞り込み検索が行えます。