置換ルールと変換ルールを両方設定した場合、どちらが先に適用されますか？

置換ルールが先に適用され、その後に変換ルールが適用されます。

たとえば、置換ルールで「a → b」、変換ルールで「小文字→大文字」を設定すると、先に a が b に置き換わり、その後 b が B になります。