変換置換元と変換置換先を、違うフィールドに設定できますか？

はい、可能です。

対象フィールドの設定で、変換置換元と変換置換先を別フィールドにできます。入力した内容を別フィールドへ変換結果として反映する運用に使えます。

ふりがな化・カタカナ化を使う場合は、変換元と変換先を違うフィールドに設定する必要があります。